已經初具規模的高等教育體系，經過近年來的改革得以進一步完善。一項打造100所世界一流大學的工程始於1993年，十年中，有708所高校經合併組建為302所多學科或綜合性的高校。1999年9月，中央工藝美術學院被併入中國最負盛名的學府之一 ——清華大學；2000年4月，有百餘年曆史的北京大學與全國最好的醫科院校——北京醫科大學實現聯手。目前，全國共有高等學校1911所。國家設專項資金重點支援若干所大學進入國際先進行列，獲支援的學校達30多所。

    高等院校擴大招生規模已持續多年。1998年中國普通高校招生108萬人，1999年至2002年，招生人數從160萬增加到320萬。2003年，全國普通高等學校計劃招生335萬人，比上年增加15萬人；高校和科研院所計劃招收研究生21.7萬人，比上年增長33%。

    高等學校科研實力顯著增強，已經成為全國科技創新、特別是基礎研究領域的生力軍。高校生産教學科研諸方面加強合作，使科技成果轉化速度加快，涌現出一批高新科技企業和重大科技創新産品，有22家國家大學科技園成為高新技術成果轉化的重要基地。