基因測序“鳥槍法”，也俗稱“霰彈法”。簡單地説，它有點類似生活中玩的拼圖遊戲。拼圖遊戲是將一個完整的畫面分成雜亂無章的碎塊，然後重新拼裝復原。而“鳥槍法”則是先將整個基因組打亂，切成隨機碎片，然後測定每個小片段序列，最終利用電腦對這些切片進行排序和組裝，並確定它們在基因組中的正確位置。

    “鳥槍法”最初主要用於測定微生物基因組序列。近年來，美國塞萊拉公司先後利用改進的全基因組“鳥槍法”完成了果蠅和人類基因組的測序工作，證明了它在測定大基因組上的可行性和有效性。

    “鳥槍法”優點是速度快，簡單易行，成本較低。但用它來測序，最終排序結果的拼接組裝不太容易。中國科學家設計出了一種序列組裝軟體，能有效克服“鳥槍法”全基因組測序組裝過程中的困難。

    在研究中，他們首先在整個水稻基因組上生成許多已知長度的ＤＮＡ（脫氧核糖核酸）切片，然後使它們按ＤＮＡ序列的重合區域進行排列。這些切片數量足以覆蓋水稻基因組４次。科學家們接著確定每個切片的鹼基對序列，並用電腦程式將其組裝成更長的片段，然後將這些片段排序、裝配成１０萬多個被稱為支架的更大組件。

    他們設計出的軟體重點是通過支架水準上的接近來進行組裝，並採取了獨特的重復序列處理演算法，可識別並暫時遮罩佔水稻基因組約４０％的重復序列。這樣做的好處是既能減少計算量，又最大限度降低了錯誤拼接的可能性。

    美國珀杜大學植物遺傳學家貝內特澤恩評價説，中國科學家的水稻基因組計劃，“提供了一個有關鳥槍測序法速度和效率的極好範例”。（毛磊）

    新華社 2002-4-5