第一條為了促進海峽兩岸間航運事業的發展，維護正常航運秩序，發展兩岸經貿關係，根據一個中國、雙向直航、互惠互利的原則，制定本辦法。

    第二條本辦法適用於中國大陸港口與台灣地區港口之間的海上直達客貨運輸（以下簡稱兩岸航運）。

    第三條兩岸航運屬於特殊管理的國內運輸。

    第四條中華人民共和國交通部（以下簡稱交通部）是兩岸航運業務的主管機關。

    第五條在中國大陸和台灣地區登記註冊的符合下列條件的航運公司，經交通部批准，方可以其所有的或者經營的船舶，從事兩岸航運業務：

    （一）中國大陸或者台灣地區的獨資航運公司；

    （二）中國大陸和台灣地區的合資航運公司。

    第六條申請經營兩岸航運業務的，在中國大陸註冊的地方航運公司應當經所在的省、自治區、直轄市交通主管部門審核後轉報交通部批准；國務院各部門所屬的航運公司由有關主管部門核轉交通部批准。

    在中國台灣地區註冊的航運公司應當委託其在大陸的船舶代理公司代為提出申請，經該船舶代理公司所在的省、自治區、直轄市交通主管部門審核後轉報交通部批准。

    第七條申請經營兩岸航運業務的航運公司，應當提交下列文件：

    （一）申請書；

    （二）船舶資料；

    （三）海運提單樣本；

    （四）交通部要求的其他文件。

    從事班輪運輸的，除提供上述文件外，還應當提供港航間班輪運輸協議和運價本。

    第八條交通部應當自收到申請文件之日起４５天內，決定批准或者不批准，並書面通知申請人。

    第九條經批准經營兩岸航運業務的航運公司及其船舶，由交通部核發《台灣海峽兩岸間水路運輸許可證》和《 台灣海峽兩岸間船舶營運證》。

    前款證書有效期為一年。

    第十條非經交通部批准，外國航運公司不得經營台灣 海峽兩岸間雙向直達的或者轉机的貨物運輸和旅客運輸。

    第十一條為兩岸航運業務提供服務的大陸港口和船舶代理公司，由交通部批准並予公佈。

    任何大陸港口和船舶代理公司，未經批准，不得從事與兩岸航運相關的服務。

    第十二條未經交通部批准從事兩岸航運業務的航運公司的船舶，港務監督機構不得為其辦理進出港口簽證，港口不得為其裝卸貨物，船舶代理公司不得為其辦理代理業務。

    第十三條不符合本辦法第五條、第十一條的規定，未經批准擅自經營兩岸航運及其相關業務的，由交通部給予警告、沒收違法所得。

    第十四條港口經營人、船舶代理公司違反本辦法第十二條的規定，為沒有兩岸航運經營資格的航運公司的船舶提供相關服務的，由交通部給予警告、沒收違法所得；情節嚴重的，可以並處取消其從事與兩岸航運相關服務的資格。

    第十五條本辦法自１９９６年８月２０日起施行。