蔣介石父子先後在臺40年,留下的日記和文件可以説是卷帙浩繁,蔣經國過世後,這些重要的資料都由蔣孝勇保管。在島內一片要清算蔣氏的聲浪下,蔣孝勇決心將這些資料整理出來,讓“歷史自己説話”;另外,在他病重期間,他還頻繁往返于臺、美、大陸三地,爭取在自己去世前能完成父親遺願,將父親和祖父的棺木遷回老家。儘管他同台灣當局的抗爭失敗了,但是他囑咐妻子要把這兩件事繼續做下去,她做不完再交給兒子,兒子做不完再交給孫子。方智怡答應了丈夫的請求,她曾公開表示,一定會把這批史料“完完整整”地保留整理出來,到那時候,“我們會把它們交出來,不會讓歷史留白!”
1997年1月, 方智怡一身黑衣帶著三個兒子友柏、友常、友青,捧著丈夫的骨灰踏上了飛往美國的班機,但是美國大概已是她最後的故鄉了。