選舉結果出人意料，國民黨慘敗，民進黨大勝。國民黨在23個縣市長中，僅獲得包括離島的澎湖及金門、連江在內在8個席位，而民進黨卻獲得包括台北等縣在內的12席，無黨籍得3席。由於民進黨席捲大部分精華縣市，主政縣市總人口、預算、稅收（含台北市）分別佔台灣地區的71.53%、69.24%、83.12%，得票率也以43.3%比42.1%高出國民黨1.2%，成為地方政權的第一執政黨，國民黨僅保有幾處落後的邊陲縣市，淪為地方政權中的第二執政黨。新黨僅獲1.42的選票，首次參選的"建國黨"只有0.2%的選票。

    國民黨在本次縣市長選舉中所以慘敗，分析家認為其主要原因是施政背離民意，"凍省"造成黨內輔選系統不暢，內鬥激烈，影響整體戰鬥力的發揮，台灣民眾對國民黨的失望和怨憤便通過這次縣市長的選舉明確無誤地表達出來了。

    民進黨取得空前勝利，則是得益於檢討"總統"選舉失利的教訓、黨內體制轉型的進展、選舉策略得當等因素。民進黨的勝利並不意味著大多數台灣民眾支援台獨，而是對民進黨內"務實台獨派"淡化台獨意識的一種鼓勵。

    新黨和"建國黨"在縣市長選舉中顆粒無收，雖然是國民黨和民進黨聯手壟斷選舉市場的結果，但同時也反映出台灣民眾對新黨與兩大黨逐漸趨同並且內鬥不斷的不滿，表達了對激進台獨勢力的遠離，符合大多數台灣人希望維持現狀的心理。