1998年12月5日，選舉結果揭曉。國民黨在台北"市長"候選人馬英九擊敗競選連任的民進黨現任"市長"陳水扁，得票率51.13%，陳水扁得票率為45.91%，另一位候選人王建煊得票率僅為2.97%。在高雄市"市長"選舉中，民進黨籍的謝長廷則以4500余票的微弱優勢將現任"市長"，國民黨籍的吳敦義趕下了臺。其得票率為：謝長廷48.71%，吳敦義48.13%，無黨籍的鄭德耀為2.53%，新黨的吳建國僅為0.81%。

    台北"市議員"的選舉結果仍然維持"三黨不過半"的局面，國民黨、民進黨、新黨分別獲得23席、19席和9席，無黨籍人士獲得1席。在高雄"市議員"選舉中，國民黨獲得25席，民進黨和無黨籍人士各獲9席，新黨僅獲1席。

    選舉結果表明，國民黨獲勝。台灣《聯合報》認為，"國民黨贏得'三合一'的勝利，與其視為選民對於國民黨目前表現的肯定，不如看成選民對於國民黨革新的期待。"過去多年來擺脫國民黨並站到國民黨外部去批判國民黨的選民，如今又回過頭來希望促成國民黨內部的革新。在國民黨內斗方興未艾的今天，選民出現這種組合與結合，不應被國民黨視為當局權威的再鞏固，而將這種民意的流動視為社會大眾對於革新的呼喚。其實馬英九的當選，顯示民間社會對於某種政策理念及政治風格的期許，因此種理念及風格可能正是國民黨過去所欠缺的。因而，國民黨不應將此次勝選，僅僅視為權力競逐的勝利，更應視作民間對於政策內涵及政治風格的一種追求。對於民進黨來説，失敗並非是技術方面的原因。事實上，在這場連戰中，陳水扁陣營表現出如此精巧的戰技，已是台灣選舉史上的極致。如果説陳水扁失敗的最大敵人是陳水扁自己，那麼，民進黨的失敗何嘗不是民進黨自己。這場選戰，不僅輸掉了陳水扁所建立的"快樂、希望"政治品牌，也不啻宣告民進黨的統獨、族群路線似乎已無更大的發展空間。民進黨應該選擇真正轉型的道路，不要因此而走回頭路。民進黨主席林義雄選後表示將辭去黨主席，或許是值得深思的。

    台北、高雄"市長"及"議員"的選舉對於島內的政治格局，下屆"總統"選舉必將産生十分微妙的影響。同時，也會給兩岸關係帶來一些有利的變化。這種有利之處主要在於暫時遏制了民進黨及激進台獨勢力的發展。雖然馬英九當選台北"市長"比陳水扁當選台北"市長"更有利於兩岸關係的發展，因為馬英九是國民黨新一代的"政治領袖"，代表了黨內的改革力量，他的政治取向和李登輝等主流派有所不同，但他本人也是在李登輝等主流派的支援下上臺的，他的發展在一定程度上也要看李登輝主流派對其支援的程度，因此誠如他在選戰中所説的要"跟從李登輝路線"一樣，要他完全脫離李登輝的基本路線，是不切實際的。