根據“國民大會組織法”規定，“國民大會”設立主席團、代表資格審查委員會、提案審查委員會、紀律委員會、憲政研討委員會、秘書處及特種委員會（必要時）等機構。

    “國民大會主席團”，由出席代表互選85名代表組成，處理“議會”程式事項、 大會行政事項及其他事項， “國民大會”開會期間， 由主席團推舉1人為主席，主席有維護會場秩序的權責； 代表如有違反議事規則或妨礙會場秩序的行為，主席有權警告或制止，並得禁止其發言；情節重大者，由主席提交主席團決議，交付紀律委員會審議後，提請大會決定。 根據1997年4月25日臺“立法院”三讀通過的“國民大會組織法修正案”的規定， “國大” 主席團制改為議長制。“國大”設“議長”、“副議長”各一人，由“國代”互選， 任期與“國代”相同。 “議長”的職責是總綜理會務， 在開會時主持會議；“議長”不能視事或出缺時， 由“副議長”代理行職務，“議長”、“副議長”都不能視事時，由出席代表互選一人主持會議，“正副議長”同時出缺時，由大會補選。

    “工表資格審查委員會”負責審查代表資格證明文件。審查結果應繕具報告書送至主席團報告大會。該委員會設委員67至87人，該委員會開會時，由召集人互推1人為主席。該委員會還設秘書、幹事及其他人員若干。

    “提案審查委員會”的職責是負責審查關於“憲法”的提案及不屬於其他審查委員會的提案； 關於“國防” 的提案；關於“外交”的提案； 關於“國民經濟”的提案； 關於社會安全的提案以及關於教育文化、邊疆地區和僑務的提案。各提名委員會設召集人5至9人，由各該委員會委員以無記名單計法互選産生。

    “紀律委員會”根據“國民大會組織法”對懲戒案作出申議。 其懲戒方式有：書面警告、 口頭道歉和書面道歉三種。該委員會設委員19至25人，由主席團提請大會決定，並設召集人1至3人，由各委員互推産生。

    “憲政研討委員會”的任務是研討“憲政”有關問題。該委員會設主席1人，由“總統”兼任；設副主任委員1人，由主任委員指定，常務委員由11至15人組成，由主任委員指定。 該委員會下設13個研究委員會， 研討有關“憲政”、“司法”、“內政”、“外交”、“國防”、財政經濟、交通、邊疆、法律、僑務、“憲法”等事宜。

    “國民大會”還設秘書處， 有秘書長1人， 副秘書長2 人， 由主席團提請大會決定任命。 根據“國大組織法修正案”的規定，“國大”置正副秘書長各一人，秘書長經議長遴選報告大會後特派， 承“議長”之命， 處理“國大”事務，指揮監督所屬職員；副秘書長襄助秘書長；“國大”設秘書處，下設議事組、資料組、文書組、總務組及公共關係室，處理“國大”相關事務。