（一）“府院之爭”
“總統府”與“行政院”之間的矛盾，在中國現代政治史上，特別是北洋政府時期，也是政府權力之爭的焦點。
國民黨退踞台灣後，在“戡亂時期”的“強人政治”時代， 自然是“總統”的權力要大於“行政院”。 蔣介石任“總統”時，他可以一統天下。蔣介石去世後，“副總統”嚴家淦繼承“總統”位，而“行政院長”是蔣經國。在這個年代，“總統”無權，“行政院長” 獨攬大權。 人們評論説：“嚴先生繼承大統，大權則歸蔣先生一人。”直至1978 年5月， 蔣經國任“總統”，孫運璇任“行政院長”，又出現了“府”統“院”的局面。 蔣經國1988年1月去世後，李登輝從“副總統”躍居“總統”職位。在台灣這樣一個有著40多年專制統治的地區， 歷來“總統” 的權力是至高無上的，“一介書生”出生的李登輝“總統”，面對的前後三任“行政院長”是俞國華、李煥和郝柏村，前兩位是“政界重臣”，後一位是“軍界大老”。台灣的政治體制中曾出現過一陣“強勢內閣”的局面，傳統的“總統”權力受到侵蝕，李登輝又不甘心扮演“弱勢總統”的角色，因此，他上臺後不斷地排除異己，先後把俞國華、李煥調離“行政院長”職位，但後來繼承“行政院長”的郝柏村，與李登輝“總統”之間的矛盾， 不論是在政策理念上， 還是在“省籍情緒”上，都很難達到“一致的步伐”。
“府”、“院”之間在爭奪對大陸政策的控制權上表現得尤為激烈。
1990年7月， 國民黨中央大陸工作指導小組通過了決定成立負責大陸工作的專門機構——“行政院大陸委員會”。其職責範圍是： 關於大陸政策之研究， 關於大陸資訊之收集、分析及出版，關於兩岸人民往來及港澳相關事務之規劃處理及協調事項。此外，還決定設立以財團法人形式出現的民間仲介機構—— “海峽交流基金會”， 以民間形式處理“大陸委員會”委託的兩岸事宜。但“行政院大陸委員會”成立不久，同年10月7日， 李登輝就積極籌組成立了一個直屬“總統府”的“國家統一委員會”，以控制大陸政策的指導權。針對“國統會”的來勢洶洶，“行政院”決定了三種反擊方案：（1）從根本上阻止“總統府”下的“國統會”具有任何實質的“法定機構”性質，即不具備任何大陸政策的決策地位。 為此，“行政院秘書長” 王昭明甚至郝柏村“院長”本人，在公開場合，多次強調“只有行政字才是大陸政策的決策與執行機構”。在“行政院”強烈堅持下，李登輝雖然有意提升“國統會”的決策權，最後只好讓步，宣佈“國統會”只是一個臨時任務編組的諮詢機構。 （2）在“國統會”副主委人選上的鬥爭。“國統會”主委由李登輝擔任，副主委人選上，郝柏村和“副總統”各佔一個。但第三位副主委由誰來擔任，李郝之間發生了矛盾。李登輝願意想盧“總統府”秘書長蔣彥士出任，而郝柏村則極力反對。郝的理由是，“國統會”雖只是一個諮詢機構，但畢竟地位崇高。副主委必須由有相當地位和名望者擔任，作為幕僚身份的蔣彥士，怎能與“副總統”、“行政院長”並列齊尊。郝柏村想從“立法院長”梁肅戎和“司法院長”林洋港二者擇一。 （3）由“行政院”直接表達對大陸政策決策主控權的意向。由郝柏村在“施政綱領”中提出兩岸關係為“一國兩地區”的構想，以對抗李提出的“促進兩岸關係發展”的“三條件論”。
李登輝對郝柏的反擊並未沉默。在“國統會”副主委人選上，郝柏村提出的錄影肅戎和林洋港皆名落孫山。李登輝最後挑選了無黨籍人士，“總統府資政”高玉樹出任。這無疑是對郝柏村的打擊，使他在“國統會”主委副主委上與李登輝平分天下的目的未能實現。此外，該會還設委員30名，李聘請12名島內外“專家”、“學者”為研究委員。這樣他便借“國統會” 將大批人馬拉到自己的手下， 無形中削弱了郝的權力。最後李登輝借解釋聘請12名研究委員的理由之機，隱晦而又明確地道了國統會的職權。他説：聘請12名研究委員，是為了“協助委員會構思國家統一大政方針”。那麼“大陸委員會”的地位又該怎樣呢？馬英九在“國統會”的報告中提出了會後大陸政策的6個重點,其中一條就是“設置大陸工作專職機構——行政院大陸委員會”。這樣“國統會”負責“構思國家統一的大政方針”，而“行政院大陸委員會”則是執行大陸政策的“專職機構”，二者的關係亦即李登輝與郝柏村的關係已經敲定。“府院”之間爭奪大陸政策的決策權直到1990年底才由國民黨中央大陸工作指導小組“定位”。12月11日，“指導小組”決定：“國統會”為構思兩岸統一大政方針的諮詢機構，而“陸委會”為大陸政策的制定、執行與協調機關。地位雖定，但“府院”矛盾並未解決。
爭奪大陸政策的控制權， 只是 “府院”之爭的一個方面， 在對民進黨態度， 對“台獨”、對“爭取國際生存空間”等問題上，“府院”之間也大多意見不一。“府院”之間的矛盾與鬥爭，最終以改組郝“內閣”為契機，完成了以“府統院”的體制定位。
（二）“行政院”改組
按“憲法”，“行政院長”由“總統”提名，經“立法院”資格審查同意後由“總統”任命。由於郝柏村當“行政院長”時是由第一屆“立委”同意産生的，所以，當1992年底台灣“立法院”進行第二屆“立委”選舉後，一些反郝勢力就依此為由，要求“郝內閣”總辭。在國民黨“主流派”和民進黨“立委”的推波助瀾下，要求“郝閣揆”辭職的聲浪從1992年底起日益高漲。
與此同時，保郝一方以“非主流派”為主體，聯絡元老勢力，拉開了“閣揆保衛戰”的陣勢。先是國民黨的“元老重臣”謝東閔、孫運璇、梁肅戎等出面保郝，呼籲李郝“和衷共濟，共勉危機，避免國民黨分裂”。梁肅戎還向李登輝提交一份“國是建言”， 要求李郝應繼續合作， 以安定政局。 接著，“中華民國民主基金會”等170多個團體上街遊行，聯名在媒體刊登“血諫”廣告，發表“護國聲明”。但所有這一切，不但未能改變李登輝“換人”的決心，反而向“非主流派” 的抗爭發出了“此時分裂黨， 將是歷史的罪人”的“最後通牒”。接著李登輝對郝柏村搞“軟化政治”以承諾由郝出任擬設的 “國民黨中央政策指導小組” 召集人，作為郝辭職的條件。當郝公開拒絕出任此職後，李再以黨的副主席相許。在“主流派”陣前助威，宣稱要組織萬人示威副郝辭職。郝在內外壓力下， 不得不于1993年1月30日發表聲明，決定辭職。郝辭職前，向李登輝建議由“司法院長”林洋港出任“行政院長”，邱創煥出任中央秘書長。但是， 李登輝在郝辭職後， 卻提名“台灣省主席”連戰出任“行政院長”台灣當局以“行政院”改組為重點的“五院革新”， 對高層人士進行大幅度調動， 國民黨中央秘書長、“國安會”秘書長、“立法院”、“監察院”、“考試院”的 “正副院長”和“司法院”的“副院長”， “台灣省主席”等均為新人。經過次調整，台灣當局高層結構發生了根本性的變化，中生代全面接班，大陸籍人士進一步退出權力核心。
此次，“行政院”改組的主要特徵是：
第一，人事變動幅度極大。新“內閣”從“正副院長”到“8部2會”首長，除人留任外，其餘均為新人，更換率極大。起用人馬大多為李登輝班底，原“郝內閣”的“非主流派”成員遭到大面積撤換，幾乎全軍覆滅。此表明，“主流派”已全面掌握行政大權。 “府院”之爭更向以“府” 領“院”方向發展。
第二，國民黨政權“本土化”基本實現。經此調整後，“五院”中惟“監察院長”為大陸籍人士陳履安擔任，其餘“4院”“院長”均為臺籍人士出任。 連戰為40年來第一位臺籍出身的“行政院長”。這樣使國民黨主席、國民黨中央秘書長及“行政院長”三要職均為臺籍人士，使“內閣”中以往以大陸籍為主，臺籍為輔的權力分配徹底改變，開創了臺籍本土勢力全面勢掌台灣政權的新時代。
第三，“財經內閣”特點顯著，閣員年輕化、學歷高。本屆“內閣”主要由國民黨中生代組成，平均年齡56歲，年齡最輕的43歲，連戰本人57歲，且新任“閣員”都具有相當完整的學歷,全部受過高等教育，其中博士17名，碩士4名，學士6名，有6人曾任過大學校長。其中11人都有主管過“行政院”、“省政府”、財政、金融的經驗，不少人在台灣經濟界是名聲顯赫、十分有建樹的經濟專家。
第四，“內閣”親美色彩較濃。新“內閣”主要成員都曾留學美國，不少人獲得美國大學碩士、博士，並與美國政界關係密切，推崇美國政治。
1996年第九任“總統”選舉後， 按照李登輝的意圖，“行政院”又一次改組。
1996年6月8日，國民黨召開臨時中常會，通過了國民黨副主席、“副總統”兼“行政院長”連戰提出的“行政院政務首長”人事調整名單。 李登輝也在同日發佈命令， 任命新“內閣”成員。 在39個“部會首長”（有2人兼任）名單中，有12人留任， 27人是任職； 由副“首長”晉陞的有10 人，黨務系統轉任的有5人， 學界2人，4人平調；從省籍來看，“外省籍”19人，“本省籍”20人； 有博士學位者22 人。
被台灣各界議論多時、千呼萬喚始出來的“內閣”名單一公佈，島內立即譁然，反彈強烈。
在野黨一致明確反對新“內閣”的佈局。這主要是由於李登輝在 “總統” 選舉前後多次作出“要延攬在野人士入閣”的承諾如今食言而肥，他們對被李當做“政治娼妓”感到憤怒。民進黨“立院黨團”幹事長顏錦福斥責“內閣”改組是“換湯不換藥”,“拼出四個不像的怪獸圈”,“立委”葉菊蘭稱李登輝作出的係舊瓶新裝都算不上的“內閣”。新黨“立委”周陽山稱連“內閣”是“現實重於理想，戀棧重於開創”。民、新兩黨嚴正表示，將採取激烈抗爭措施對付連戰“內閣”。正如親李登輝的《自由時報》社論稱，“這支跨世紀領導團隊，還未整裝待發，就已陷入行政與立法部門角力的泥淖”。
國民黨籍“立委”也對黑箱操作深表不滿。“內閣”人事一公佈， 黨籍“立委”一片反對之聲。 “立法院”黨團書記曹爾忠稱 “所有立法部門推薦的人選全都不在改組名單內， 整個中常會不過幾分鐘， 內閣人事竟然就這樣決定了”。“立委”陳宏昌、許舒博等 人， 對“立委”不為重視和被愚弄憤憤地表示，“身為‘立委’卻對‘內閣’人事沒有咨商權”。他倆還放出狠，將支援在野黨提出的重新先例閣揆同駐的提案，“今後會讓國民黨立院黨團的運作一路輸到底”。“立委”王競表示，李登輝和連戰“這樣做，對這天下的‘立委’該 要如何交代?這樣政局如何安定呢?”高雄區“立委”郭金生等人更為激烈，揚言要退出國民黨以示抗議。
社會各界普遍低調評價。各界人多認為，“在知悉全部陣容後，看到其中酬庸、封賞的痕跡，在脫內鬥、卡位的色彩， 不免失望”； “新人未能讓有人驚艷之嘆，而舊人當中， 抓賄選、辦貪污， 幹得有聲有色的‘法務部長’馬英九，‘財政部長’林振國，‘交通部長’劉兆玄及陳其南竟然未留任，這種不聽人民的心聲，不尊重人民的意志，執意逆勢操作的人事調整，當然引起反彈”，上榜的主要是“一些有爭議的人”。《自由時報》也稱此次調整，“與人所期待的開創新局猶有一段距離”。為此，《聯合報》、《中國時報》等主要媒體和學術界，都提醒國民黨，“不要再執著于黨利黨略的盤算，要知道威權領導，違反民主政治，時空已不再”。
這一李登輝親自主導， 並要各界“著毋庸議” 的“內閣”，在野黨一片反對之聲，各界不少微詞，國民黨內也難於一致，李登輝對此不無意料，他之所以一意孤行，江水在《台灣週刊》分析，此有其特定的意圖。
第一，李登輝要別人對“內閣”安排“著毋庸議”，不乏“有安排後李登輝時代的意圖”。從此次“行政院”人事佈局看，連戰、宋楚瑜起了一定的作用， 因而也有今後4年間李登輝完成黨內權力“交接”的內涵，連、宋二人在黨內的分量正在加重。 如李登輝雖曾明確表示， “行政院副院長”要用具有“工程、土地背景的人”，但還是同意他明言要棄換的“財經背景的”徐立德連任；馬英九被趕出“法務部” 能留在“內閣”， 辭職堅決的劉兆玄改任“國科會主委”，顯然和連戰的堅持有關。在黨內中生代中實力和發展趨勢上僅次於連戰的宋楚瑜也展現了影響力，“內政部長”和“農委會主委”即為宋推薦的人選。儘管宋楚瑜推薦“財政部長”的目的沒有達到，但也可以看出他在決策核心中地位的提高。暨高大學經濟研究所所長許振明認為，“連戰已經‘動起來’，態度轉趨積極、強硬”，看來，連戰已在中生代卡位戰中佔據優勢。
第二，穩住國民黨的票源，鞏固國民黨的執政地位，是選擇新“內閣”人選的基本考量之一。為贏得以後的選舉做準備也是此次內閣人事調整的重要著力點。 為維護反 “黑金” 的形象， 馬英九還是留任 “政務委員”； 曾在“總統”、第三屆“立委”、“國代” 選舉中盡力抵制 “林郝配、陳王配”衝擊的楊亭雲和爭取勞工票頗有成效的謝深山依然留任； 曾為李登輝助選、 增加婦工會主委林澄枝乾脆“入閣”，以施展其拉票功夫；為擴大國民黨在可塑性極強的青年中的影響，具體做青年工作的青輔會主委吳挽瀾也應運“入閣”。此外，還特意新設“原住民委員會”，以獲得原住民的支援。對於“立法院”內“實質不過半”的政治生態，避免國民黨流失實力，在野黨勢力上升，李登輝為穩住“立委”、 又不影響權力分配， 應諾在“內閣”的“次長級”人選時考慮任用一些不分區“立委”，以平息“立委”的憤怒。
第三， 發展亞太營運中心、振興經濟是新“內閣”的施政重點之一。就島內經濟而言，面臨著提升台灣競爭力、發展亞太營運中心等挑戰，新“內閣”人事主要考慮，一是要有利於亞太營運中心的建設。許振明稱，此次人事是環繞亞太營運中心所做的決定，“經濟部長”王志剛有良好的服務經驗，對工業有擅長的薛琦任“政務次長”表明重視亞太營運中心的建立，江丙坤熟悉攸關亞太運營中心成敗的兩岸經貿關係，“央行”副總裁邱正雄入主“財政部”則對未來“財政部”和“央行”的協調將會相當有益。二是要有利於島內經濟發展。前不久，李登輝評論以往發展經濟的措施是“只見文字不見行動”，大有要為台灣經濟的發展提供“錦襄妙計”之意。所以，此次“內閣”調整加重了“經濟的成分”，被認為主導島內經濟業績良好的“經建會”人馬“遍佈財經單位，出任副職及局長”。為推動制約島內經濟發展財政金融改革， 保持經濟政策的連貫性， 促使經濟發展，原任“財政部長” 林振國也留在“行政院” 擔任“政務委員”，徐立德也得以“梅開二度”。
第四，推進“務實外交”、維持兩岸關係是新“內閣”的基本方針。此次“新內閣”內，“陸委會”是搬風最多的部門。 張京育接任時間不長，副主任調走2人，不排除還要走人，似乎擺出一副推出新人組成新班子來緩和、推進兩岸關係的架勢。“外交部長”也換上蔣家傳人章孝嚴。但章孝嚴稱，“務實外交”和兩岸關係，“好比釣魚時的魚鉤及魚線，兩者相輔相成一樣重要”。今後要以“更積極、務實、靈活、穩健的做法，以新的觀念、新的作為對新的局面”，儘早結束“中國人在國際舞臺打擊中國人的悲劇”。從中可以看出，臺當局並沒有停止在國際間製造“兩個中國”、謀取“實質獨立”的打算。
新“內閣”改組甫一結束，“立法院”反撲即已開始。今後，儘管新“內閣”有充分的“行政資源”可以調用，隨之而來的“兩院之爭”也將使“新內閣”步履維艱、前途多舛。
1997年,“行政院”再次改組,蕭萬長任“行政院長”，章孝嚴任“行政院”副院長、 中央黨部秘書長， “外交部長”由胡志強接任。
1998年，作為臺高層權力、派系鬥爭的延續，2月4日，國民黨中央常會通過了“行政院”及黨務人事改組案。這是臺第9屆“總統”選舉完成以來， 在李登輝主導下，臺高層進行的第三次較在幅度的高層人事調整。
本次人事改組被島內各界視為是 “為改組而改組”，“該上的沒上，該下的沒下”，新面孔不多，難有新氣象。儘管如此，學者玉德認為，個別重要部門的人事調整仍包含一些值得重視的訊息。
（1） 李登輝的主導作用明顯，李係人馬得到重用，連戰勢力被進一步削弱。
隨著“後李登輝時代”的浮現，李登輝正抓緊利用手中的提拔、安插親信，排斥異己，以保證其路線的貫徹。從調整的名單看，本次人事改組的原則並非根據政績優劣用人惟才，而是只憑李登輝的好惡決定。如“內政部長”黃主文、“海基會秘書長”許惠祐、“教育部長”林清江及陸工會主任張榮恭均是島內政壇眾所週知的李登輝的幹將；李的女婿賴國洲也從幕後登上臺前，為“後李時期”的仕途發展作準備。李的心腹、“政務委員”黃大洲雖然屢遭非議、且已轉任臺 “中華奧委會”主席， 但是這次改組絲毫沒有影響其“政務委員”的職位。
與之相反，被台北政壇指為具連戰勢力“指標作用”的“政務委員” 趙守博卻與這次調整無緣， 而在被撤換的人中，也多半是連戰任“行政院長”時被重用者，包括“新聞局長”李大維、“青輔會主委”黃德福等均為連係人馬。他們對這次改組相當不滿，一些人甚至拒絕了新職務的安排。此外，李登輝不信任的海基會秘書長焦仁和及因主張“開放大陸學歷採認”而得罪李的“教育部長”吳京均曹撤換。
由此可見，本次人事異動是李登輝主導下的又一次權力分贓，島內輿論及民進黨均持此種持看法。《聯合報》分析指出，本次“內閣”改組可以看出許多李登輝主導的痕跡，連戰的角色隱晦，值得玩味。民進黨“立法院黨團幹事長”蘇煥智稱，這次改組等於是李登輝“意志的貫徹”，凸顯李才是最後的決定者，連戰的勢力“已經逐漸削弱”，蕭萬長的勢力“逐漸抬頭”。
（1） 海基會的人事變動預示著臺高層將調整該會的功能，加緊談判的佈局，從而為未來的兩岸談判投下變數。
圍繞海基會秘書長的人選，“總統府”和“行政院”暗中較勁， 最後由李登輝親自點許惠祐出任。 據島內傳媒披露，臺高層在檢討過去兩岸談判成效時，對於主談代表的急功心切、不按牌理出牌、超出“陸委會”授權範圍的做法深感頭痛，並將之歸咎於“政治明星”擔任主談代表所具有的“歷史使命感”。因此，自1997年下半年起，臺當局就已考慮重組海基會的談判隊伍，計劃在重開談判前撤換焦仁和。但因焦仁和無意離開，且促臺復談的壓力不大，所以耽擱下來。
1997年底我數度點名邀請焦仁和率團來訪，臺高層便一再拒絕， 甚至認為 “大陸既然要焦唐會晤我們偏偏不要焦唐”，所以先行撤換焦仁和。“陸委會”對焦仁和的不信任和疑慮也與日俱增，如臺“行政院”一個有關大陸政策會議的部分內容外泄，焦仁和竟是“陸委會”追查泄密者的第一個懷疑對象，海基會一高層人士曾感慨地透露，該會自成立起，決策高層就不信任這個組織，稱：“被派去與‘敵人’交流，是一種腹背受敵的處境，成事的風險比不成還大。”事實上，焦仁和陣前被撤換不只是其個人的“忠誠”受到懷疑，更重要的是臺高層對兩岸談判乃至海基會的功能有了産的考慮。迫於島內外各方日益升高的促談呼籲，臺當局自知已無法一味地拒絕下去， 因此， 一方面以所謂先“回到原點”，進行事務性談判成果、無限期拖下去的政治談判“策套”功能已失去作用，其主談代表也應由肯豐富談判經驗的“技術官僚”取代“政治明星”，以便份演好“安全閥”和“牛皮糖”的角色。
這次改組上會的海基會秘書長許惠祐， 曾任該會的處長、副秘書長及“陸委會副主委”，是惟一全程參與兩岸十六次會談的代表，因態度死硬，屢屢造成談判破裂而被島內媒體稱為“破裂代表”，深得李登輝的賞識，被外界視為貫徹李登輝意志的不二人選。臺高層關於兩岸談判“不達成成果”的考慮或許惠祐這樣的“破裂代表”的出場，將使兩岸未來的談判之路更加崎嶇坎坷。
然而，這內“內閣”改組雖帶有明顯的李登輝印記，但李要以此來達到他加固“後李”時期親信的地位，也未必心想事成。
1999年1月21日，蕭萬長率同 “副院長”、 “政務委員”、“八部二會”首長向李登輝提出總裁，以表示對新一屆“立法院”的尊重。李登輝于22日對蕭萬長所提出的總辭案批示： “照准，特任蕭萬長為行政院院長”。 臺“行政院”改組人事案于26日敲定後送“總統府”核定後並報27日國民黨中常會通過。此波改組名單依次如下：“參謀總長”唐飛接任“國防部長”；葉金鳳接任“法務部長”；“總統府”副秘書長蘇起接任“陸委會主委”；“三軍大學校長”李禎林接任“退輔會主委”；“政務委員”蔡兆陽兼任“公共工程委員會主委”； 秘書長由 “行政院”顧問謝深山出任；前台灣省副省長吳容明出任“政務委員”。至於原本規劃為“政務委員”職務在前“高雄市長”吳敦義，因“政務委員”職缺有限，確定在這一波人事異動中無法“入閣”，但可望轉往黨部發展，接替葉金鳳遺留的副秘書長職務。
