１９４９年，在中國人民解放戰爭中，國民黨軍隊兵敗如山倒，覆滅已成定局，蔣介石便開始尋求將台灣作為最後的退路，並積極進行部署。他任命陳誠為台灣省主席與台灣警備司令部司令，孫立人為台灣防衛司令，蔣經國為中國國民黨台灣省黨部主任委員，嚴家淦任台灣省財政廳長。同時，把大量黃金與重要物資運往台灣。

    ５月底，蔣介石抵達台灣，開始構思防守與治理台灣的計劃。８月１日在台北草山（即今陽明山）成立總裁辦公室。１２月７日，時任“行政院長”的閻錫山召開緊急會議，決議“遷都台北”，並隨後與一批重要官員飛抵台北。１２月１１日，國民黨中央黨部遷至台北。中國解放戰爭基本結束，以蔣介石為首的國民黨勢力全面撤退台灣。自此，台灣再次陷入了與祖國大陸的分離狀態之中，也開始了國民黨在台灣的長期統治，也成為今日台灣問題的起源。

    第二次世界大戰結束後，台灣回到祖國的懷抱。１９４９年以後，台灣問題得以形成、發展乃至今天懸而未決，不僅是蔣介石挑起內戰的結果，更是美國等國際反華勢力插手、干涉的結果。

    剛剛敗退台灣的蔣介石集團猶如汪洋中的一條船，處在風雨飄搖之中。然而，就在中國人民解放台灣指日可待的時候，朝鮮戰爭爆發。美國基於冷戰的需要，又一次採取了“扶蔣反共”的對華政策，立即派出美軍第七艦隊進入台灣海峽、第１３航空隊進駐台灣，美國總統杜魯門並正式拋出所謂“台灣地位未定論”；１９５４年１２月２日，美國和台灣當局簽訂了“共同防禦條約”，台灣躲進了美國的保護傘下，美國為兩岸的統一設置了更大的障礙，其結果是造成台灣海峽地區長期的軍事對峙，台灣問題自此也成為中美關係中的核心問題。