1949年,在中國人民解放戰爭中,國民黨軍隊兵敗如山倒,覆滅已成定局,蔣介石便開始尋求將台灣作為最後的退路,並積極進行部署。他任命陳誠為台灣省主席與台灣警備司令部司令,孫立人為台灣防衛司令,蔣經國為中國國民黨台灣省黨部主任委員,嚴家淦任台灣省財政廳長。同時,把大量黃金與重要物資運往台灣。
5月底,蔣介石抵達台灣,開始構思防守與治理台灣的計劃。8月1日在台北草山(即今陽明山)成立總裁辦公室。12月7日,時任“行政院長”的閻錫山召開緊急會議,決議“遷都台北”,並隨後與一批重要官員飛抵台北。12月11日,國民黨中央黨部遷至台北。中國解放戰爭基本結束,以蔣介石為首的國民黨勢力全面撤退台灣。自此,台灣再次陷入了與祖國大陸的分離狀態之中,也開始了國民黨在台灣的長期統治,也成為今日台灣問題的起源。
第二次世界大戰結束後,台灣回到祖國的懷抱。1949年以後,台灣問題得以形成、發展乃至今天懸而未決,不僅是蔣介石挑起內戰的結果,更是美國等國際反華勢力插手、干涉的結果。
剛剛敗退台灣的蔣介石集團猶如汪洋中的一條船,處在風雨飄搖之中。然而,就在中國人民解放台灣指日可待的時候,朝鮮戰爭爆發。美國基於冷戰的需要,又一次採取了“扶蔣反共”的對華政策,立即派出美軍第七艦隊進入台灣海峽、第13航空隊進駐台灣,美國總統杜魯門並正式拋出所謂“台灣地位未定論”;1954年12月2日,美國和台灣當局簽訂了“共同防禦條約”,台灣躲進了美國的保護傘下,美國為兩岸的統一設置了更大的障礙,其結果是造成台灣海峽地區長期的軍事對峙,台灣問題自此也成為中美關係中的核心問題。