農村義務教育的難點是經費問題，而經費的要害是公共財政資源的分配問題。全社會對農村義務教育的詬病集中在下列方面：

（1）教育資源配置嚴重不公平。城市義務教育的生均教育經費投入大於農村；農村地區的建制鎮的教育資源又優於其他鄉村地區，以至農民有強烈的擇校傾向，使得建制鎮的“大班”問題突出。

（2）貧困地區的學生交納學費困難；實行撤點並校後，農村學生因住校而增加了讀書費用。

（3）貧困地區教師工資不易保證，辦公經費和校舍維護經費嚴重不足。

（4）城市外來工子女義務教育問題突出，接納外來工子女的民辦學校辦學品質參差不齊，經費來源困難。

所有這些問題都可以歸結為體制問題，而體制又包括兩個方面，一是農村教育經費的總量不足，二是中央財政與地方財政在承擔經費方面存在摩擦，責任不清。

針對上述問題，2003年已經出臺了《國務院關於進一步加強農村教育工作的決定》，提出了發展農村教育的方案，特別對農村義務教育提出了積極措施。2005年12月24日，國務院辦公廳印發了《關於深化農村義務教育經費保障機制改革的通知》，提出了“明確各級責任、中央地方共擔、加大財政投入、提高保障水準、分步組織實施”的改革原則，要求逐步將農村義務教育全面納入公共財政保障範圍，建立中央和地方分項目、按比例分擔的農村義務教育經費保障機制。中央重點支援中西部地區，適當兼顧東部部分困難縣區。國務院改革方案充分考慮了各地不同的經濟與財力狀況，實行了有區別的經費分擔政策。免除學雜費和提高公用經費保障水準所需資金，西部和中部地區比照農村稅費改革等政策，分別只承擔了20%和40%的經費，中央拿了“大頭”；對於東部地區，除直轄市外，則根據各省財力狀況逐省確定分擔比例，特別是將廣東、浙江、江蘇等未享受中央財政一般性轉移支付的省份納入了中央補助範圍，標誌中央對這些地區農村義務教育發展也承擔了一定的責任。

2005年中央對發展農村義務教育安排較之2003年的《國務院關於進一步加強農村教育工作的決定》的顯著不同是中央政府承擔了更多的責任。2003年的“決定”認為，發展農村義務教育的關鍵是各級政府要進一步加大投入，共同保障農村義務教育的基本需求。決定還提出，要建立“在國務院領導下，由地方政府負責、分級管理、以縣為主”的農村義務教育管理體制。這個“決定”在強調地（市）以上增加轉移支付的同時，仍強調“鄉鎮政府要積極籌措資金，改善農村中小學辦學條件”。2005年的中央意見確立了“以縣為主”的農村義務教育管理體制，沒有再強調鄉鎮必須承擔義務教育經費的問題。此外，國家還決定逐步加大並認真落實好國家對農村義務教育階段家庭經濟困難學生“兩免一補”政策(免雜費、免課本費，補助寄宿學生生活費)。進一步規範農村義務教育收費管理，嚴格執行“一費制”收費辦法。

在新的安排之下，農村義務教育經費已經開始增加。2004年中央財政安排的農村義務教育專項資金已經開始增加，財政轉移支付資金中應當用於農村義務教育的部分，總數達到593億元，佔全國財政預算內農村義務教育經費的44.7%。2004年啟動農村寄宿制學校建設，中央財政陸續投入100億元，在955個縣（西部和貧困地區）建設7730個寄宿制學校，解決203萬名學生的寄宿問題。另外投入50億，重點補助中西部地區的“農村中小學現代遠端教育工程”。從2005年春季開始，國家對592個“國貧縣”1600萬農村義務階段的家庭貧困學生全部免除學雜費、課本費，同時逐步對寄宿學生給予補助。目前，我國中西部地區享受“兩免一補”的學生人數已經超過3000萬名。2005～2007年，國家將安排227億元資金，全部落實“兩免一補”政策。“十一五”期間，國家對農村教育的經費支援總量也將明顯增加，中央與地方各級財政累計將新增農村義務教育經費約2182億元。

各地對農村義務教育管理體制也採取了改革措施。廣東省2004年出臺了《廣東省教育現代化建設綱要(2004～2020年)》，提出農村義務教育不再搞學校等級評估，集中精力、財力，努力辦好每所學校；農村中小學生活設施全面改善，實施農村中小學校“四有”工程(有符合標準的學生宿舍、有符合衛生標準的食堂、有清潔衛生的廁所和衝涼房、有符合標準的運動場)；全面改善農村中小學校生活用房和生活設施，實施義務教育“50班額”標準工程，解決城鎮學校大班額問題；積極穩妥推進免費義務教育，統籌安排經費支出責任；按照流入地政府管理為主、全日制公辦學校為主的原則，把非戶籍常住人口子女義務教育，納入義務教育發展總體規劃統籌安排。其他一些省市區也在2005年出臺了推動農村義務教育發展的地方政策。(摘自中國（海南）改革發展研究院《2006中國改革評估報告》)