紀律檢查委員會機關、辦公廳、組織部、宣傳部（加挂精神文明建設委員會辦公室牌子）、統一戰線工作部、政法委員會、政策研究室、直屬機關工作委員會。駐深單位工作委員會單獨設置。

    撤並部門

    保密委員會辦公室（市國家保密局）併入辦公廳，不再保留口岸工作委員會，其職能劃入駐深單位工作委員會。

    合署辦公部門

    機構編制委員會辦公室與市人事局合署辦公。

    政府保留部門

    財政局、水務局、國有資産管理辦公室、經濟體制改革辦公室。環境保護局、工商行政管理局（加挂物價局牌子）、品質技術監督局、藥品監督管理局、政府辦公廳、教育局、科學技術局、公安局、監察局、民政局、司法局、人事局、勞動局、建設局、文化局、衛生局、計劃生育辦公室、審計局、口岸辦公室、法制局、外事辦公室、僑務辦公室、社會保險管理局、檔案局、機關事務管理局、公路局、高新技術産業園領導小組辦公室、龍崗大工業區（深圳出口加工區）管委會。

    撤並或重組、新設部門

    不再保留經濟發展局、貿易發展局、外商投資局、經濟協作辦公室，組建經濟貿易局、對外貿易經濟合作局。不再保留運輸局、港務管理局，組建交通局，加挂港務管理局牌子。不再保留福田保稅區管理局、沙頭角保稅區管理局、鹽田保稅區管理局，組建保稅區管理局，統一管理三個保稅區的工作。組建資訊化辦公室。原運輸局、統計資訊局有關通訊、資訊和網路協調管理以及有線電視臺的網路規劃等職能，統一劃規資訊化辦公室。市委、市政府信訪辦公室併入政府辦公廳。不再保留海洋與水産局牌子。旅遊管理局更名為旅遊局，單獨設置。

    加挂部門

    科學技術局加挂智慧財産權局牌子。

    文化局加挂廣播電影電視局、新聞出版局、版權局牌子。

    城市管理辦公室加挂城市管理行政執法局牌子，增加城市管理行政執法的統一領導、綜合協調職能。外事辦公室加挂港澳事務辦公室牌子。

    民防委員會辦公室辦公室加挂地震局牌子，升級為副局級，仍為建設局管理的事業單位。

    調整部門

    住宅局調整為市政府直屬事業單位，根據市政府授權，負責全市住房政策與房改政策的制定、業管理和安居房的規劃、建設、分配與租售管理。氣象局（臺）調整為市政府直屬事業單位，升格為副局級，仍實行局臺合一。

    更名部門

    計劃局更名為發展計劃局。農業局更名為農林漁業局。規劃國土局（地質礦産局）更名為規劃與國土資源局，原農業局承擔的海洋資源管理職能劃歸規劃與國土資源局。統計資訊局更名為統計局。體育發展中心（加挂體育總會牌子）更名為體育局（加挂體育總會牌子），賦予體育行政管理職能，為市政府直屬事業單位。

    南方都市報 2001年07月14日