全市二級以上公立醫院將實行院長聘任制，三級公立醫院院長由漳州市級公立醫院管理委員會統籌調配，二級公立醫院院長和三級公立醫院副職領導報備市醫管委並鼓勵全市統籌調配。原則上以促進優秀人才下沉為導向，積極推進不同類別、不同等級醫院之間、上級醫院與下級醫院、城市三級醫院與縣級醫院、相對發達地區醫院與邊遠地區醫院之間領導人員交流。

在選拔聘任上，院長原則上從《漳州市公立醫院院長名錄庫》中進行遴選、推薦提名，經市醫管委研究同意後，根據幹部管理許可權報批並按相關規定程式辦理聘任手續。院長、副院長每屆任期3年，屆滿可以在原單位連任，也可以根據全市統籌需要調配到其他公立醫院續聘任職。公立醫院院長實行目標年薪制，並建立考核和退出機制，未完成任期目標的，將不得連任或予以解聘。

目前全市公立醫院院長名錄庫已建立，包含187名成員，將實行動態管理，不定期更新。