中國健康管理協會功能醫學分會（Society of Functional Medicine, Chinese Health Association）是在中國健康管理協會領導下的二級分支機構，成立於2018年11月23日，是由從事功能醫學和健康管理的工作者，以及致力於中國功能醫學和健康管理事業的社會各界人士自願組成的專業性、學術性、群眾性的全國性二級社會團體。
功能醫學分會秉承“引領創新、合作共贏”理念，于2019年11月3日在中國健康管理協會主辦的第四屆“健康中國”高峰論壇期間，組織召開了“功能醫學促進健康中國行動”學術研討會和分會的常務理事會。
這是一場功能醫學的學術盛宴，邀請到數名國內頂級功能醫學專家將圍繞國內功能醫學發展的深度剖析、食物不良反應的功能醫學診療規範、體重管理和慢病管理的功能醫學路徑以及生物物理技術和精準化菌群移植技術在功能醫學中的應用等專題進行了精彩演講。在常務理事會上，總結了分會去年以來在功能醫學發展方面取得的成績和存在的不足，並討論制定2020年度分會的重點工作方向和內容。同時，討論通過了吸收新的理事會成員，並舉行了隆重的授牌儀式。