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馬鈴薯鮮薯含水分達80%左右,比一般作物種子難以貯藏。許多地方馬鈴薯一般採用入窖貯藏,因此,新薯入窖前應把老窖打掃乾淨,並用蘇打水噴一遍消毒滅菌,才能入窖貯藏。入窖前要嚴格剔除病、傷、蟲咬薯塊,防止入窖後發病。在窖內堆放的薯塊高1—2米,易發芽品種,堆高應低些。長期貯藏的塊莖,溫度為2—4℃,濕度為85%—90%,可保持塊莖新鮮不發芽。另外還須經常檢查貯藏塊莖,注意通風換氣,在薯堆頂部覆蓋乾草或麻袋片等吸濕,可加快水分散發。
冬季貯藏,也可將塊莖放入挖好的土溝中,上蓋15釐米淺沙土,再在上面覆蓋稻草,保持1—5℃的溫度,春季溫度升高時,保持10℃以下。也可在室內較溫暖處堆貯或架貯。
商品薯貯藏不能見光,以免積累龍葵鹼毒素,並要控制溫濕度。在2—4℃低溫下貯藏,利用澱粉轉化為糖,食用時甜味增加,不影響食用品質。種薯貯藏溫度應控制在1—5℃之間,否則容易發芽。如不及時處理,會大量消耗塊莖養分,降低種薯品質。如無法降溫,應將種薯轉入散射光下貯藏,抑制幼芽生長。一般在陰涼通風的地方架藏,用竹木作架床,分層放薯,架間通風,也可用地下室作為冷庫貯藏。
加工用薯貯藏溫度不宜太低。在4—5℃下貯藏不會發芽,但澱粉容易轉化為糖,對加工産品不利。生産中為防止塊莖發芽,延長貯藏期,一般在4℃下保藏。為提高加工産品品質,一般在加工前2—3星期將準備加工的塊莖放在15—20℃下處理,使糖逆轉為澱粉。