7月19日，“南澳Ⅰ號”第二階段水下考古發掘工作出水的9500余件文物，在廣東汕頭市邊防支隊雲澳邊防派出所官兵的全程護送下運離南澳海域。文物將運抵廣州市，並交由廣東省博物館進行處理、保護。這也表明“南澳Ⅰ號”2011年階段性水下考古發掘正式結束。
考古發掘工作結束後，古沉船文物保護將成為關鍵問題。汕頭市邊防支隊雲澳邊防派出所朱志雄所長告訴記者，邊防派出所將對這片海域繼續進行全天候監控。據了解，下次對“南澳Ⅰ號”的水下考古工作預計將在明年4月底或5月初繼續展開。
記者採訪了解到，從2007年5月雲澳邊防派出所官兵緊急出擊，查獲盜撈海底文物的不法份子開始，到“南澳Ⅰ號”發現至今，4年多的時間裏，邊防部隊共出動警力5000多人次、出動公邊摩托艇2000多艘次，發放文物保護宣傳單5000多份，繳獲文物共計195件。2010年，國家文物局專門給汕頭公安邊防支隊雲澳邊防派出所頒發了“文物保護特別獎”。
明代沉船“南澳Ⅰ號”的搶救性發掘，被評為2010年度中國六大考古新發現之一。