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1. 電子商務與物流業務範圍有限、企業規模較小
電子商務與物流的發展與資訊化進程密切相關，由於東中西部，發達、欠發達地區，沿海內地等城市資訊化發展中的不平衡，基礎設施（網路、延伸）存在差距，從資訊網路運行品質上看，在網路技術、網路管理、資訊內容、技術標準、資費水準、通信速度、資源共用、安全和保密等各方面都還存在較大差距。
中小企業應用範圍較窄。企業開展電子商務的程度還有待提高當前，各城市企業資訊化水準低下的狀況尚未得到明顯改觀，多數企業的電子商務尚處在資訊發佈、收集、交流的階段，定單與合同的正式簽訂、支付及配送等基本上還只能在網下進行；傳統企業難以適應資訊技術的快速發展、缺乏技術創新和整體規劃性等依然是影響北京電子商務發展的重要因素。
個人應用極為有限。中國人的購物習慣和方式比較保守、意識和觀念比較陳舊，時間成本尚未成為人們關注的重要資源，並且以逛街購物為樂趣。人們對電子商務的消費認可度、使用意願、方便程度、信用安全等方面的考慮和擔心影響了個人應用。
物流企業“小、少、弱、散”。由傳統的國有運輸企業發展起來的物流企業在我國的物流企業中佔有較大的比例。它們受傳統經營意識和管理體制的影響，集約化經營優勢難以發揮，規模經營、規模效率難以實現，設施利用率低。而新興物流企業的規模小、資金少，在規劃以及經營管理上都缺少經驗。絕大多數物流企業存在經營規模小，市場份額少、服務功能少、高素質人才少，競爭力弱、融資能力弱，結構單一，缺乏網路或網路分散，經營秩序不規範等問題。
2. 物流管理體制和機制存在障礙
物流業的發展涉及到基礎設施、物流技術設備、產業政策、投資融資、稅收與運輸標準等各方面，分屬不同的政府職能部門管理。但各職能部門對現代物流認識不足並缺乏統一協調的戰略思想。目前，商務部、交通部在資格認證方面各有多項政策法規。政府職能部門對物流企業是一種多頭管理體制。
地方保護主義也較為突出。一些地方政府為保護本地物流企業利益，在交通運輸、稅收、工商等方面設置障礙，限制非本地物流企業的經營活動。這也阻礙了物流業的快速發展。
3. 相關法律環境不健全
目前我國已經有《關於加快電子商務發展的若干意見》，《中華人民共和國電子簽名法》，《電子認證服務管理辦法》，《外商投資商業領域管理辦法》，《中華人民共和國對外貿易法》，《關於電子專利申請的規定》，《廣東省電子交易條例》，《互聯網電子公告服務管理規定》等相關法律、法規，但法律環境還不健全，處於完善之中。
現有與物流相關的法律法規多是部門性的、區域性的，缺少全國統一性的專門法律文件。這使全國性的物流企業缺少有效的法律規範。我國的電子商務物流至今沒有一個完整的技術標準，僅僅以部分行業標準和《物流術語》還不能適應電子商務物流發展的需要。同時，由於缺乏對物流企業的正確認識和合理界定，在工商部門的企業註冊目錄中至今沒有物流企業的一席之地。物流企業受到的各種限制，以及專業物流組織及企業的法律地位尚未得到法律承認等，不利於物流業的健康發展。
4. 電子商務與物流人才稀缺
人才短缺的問題已成為大家的共識。以物流人才為例：在上海，個別物流企業甚至打出年薪高達30萬元來招聘高級物流人才。據有關統計顯示，我國物流人才中，物流規劃人員、物流管理人員、物流研究人員、物流師資全面緊缺。到2010年，大專以上物流人才需求達30~40萬人。目前最為搶手的物流人才是掌握現代經濟貿易、運輸與物流理論和技能、英語、國際貿易運輸及物流管理經營型。目前最緊缺的物流人才主要有三類。第一類是宏觀管理人才。如政府機構裏制訂政策、規劃的人才，包括相應的教學、科研、培訓等方面的人才，其中物流專業師資最為奇缺。第二類是各類企業的物流管理人才。除了物流企業需要這類人才，許多非物流企業也需要這類人才從事物流工作。這是物流人才中需求最大的一塊。第三是物流企業的管理人才。這是物流企業的實際操作者，包括倉儲企業、運輸企業等管理人才。
5. 商業模式與應用模式亟需創新
目前電子商務基本上還處於對傳統商業模式的模擬和對國外先進經營模式的模倣之上，很少有結合我國國情的創新模式。
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