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1. 各自為政、低水準重復建設，資源難以共用
各級、各部門的資訊基礎設施和資訊資源，存在低水準重復建設的現象，互聯互通程度低。設備和軟體存在重復購置，網路設施和傳輸通道分配不盡合理，內網、專網和外網的隔離方式還不明確，部分單位沒有自己的內部局域網和政府網站，沒有開發自己的業務應用系統，部門之間網路差距和資訊差距較大。缺乏區域性的政務統一基礎網路資訊平臺。
電子政務現行建設和管理體制導致資訊系統的規劃、建設、運行維護各自為政，缺乏統籌規劃和組織協調，部門之間相互封閉，資訊化建設和資訊資源擁有情況互不熟悉，資金和設備比較分散，資訊溝通和管理協調難度增大，形成了網路上的“縱強橫弱”和不同程度的“資訊孤島”，資源浪費嚴重，資訊共用程度低，導致整合範圍廣，整合難度大。
缺乏電子政務發展總體框架和相互關聯的部門規劃。一些單位和部門過分誇大本部門局域網的特殊性和工作資訊的保密性，提出獨立建設網路平臺、數據中心、容災中心、安全認證中心等，很少考慮與相關部門的資訊共用與互操作。部分單位在推進自己部門內部的資訊化建設中，由於沒有一個統一的規劃和發展定位，也沒有與其他相關業務來往部門進行溝通和交流，沒有和市資訊化辦協調，各自為政，盲目投資，導致一些資源的重復建設。
電子政務資訊網路資源的標準規範尚未統一，條塊分割，整合程度差，缺乏有效的統籌規劃，造成了資訊資源難以共用。
2. 辦公自動化和應用系統建設水準有待提高
當前電子政務應用處於個別政務流程資訊化階段，流程整合和服務創新剛剛起步，政府部門之間協同辦公的程度較低。對業務管理系統和網路應用有迫切的需要，但多數政務部門的資訊中心獨自成功開發具有較高適用性和易用性的業務應用系統的能力有限。
辦公自動化、決策支撐、應急指揮、社會保障、醫療保險、行政審批和公共服務等應用系統的本地特色不足，低水準重復開發嚴重，缺乏結合本地實際的自主開發的軟體產品。
已建成的大部分應用系統的業務流程相對固化，更新緩慢，軟體系統不能隨著政府機構改革和業務流程的變化而變化；有些單位還在使用單機版的應用系統；應用系統的應用和服務領域窄，一體化程度低，跨部門業務協同和互動系統幾乎空白。
3. 資訊安全保障體系不健全
電子政務安全保障體系建設處於起步階段，各級各部門資訊網路安全保障措施大不相同。個別應用系統建設和使用比較好的已經應用網路安全系統，防火牆、入侵檢測設備、殺毒軟體基本齊備，而有的連基本的防病毒軟體都沒有安裝。大多數沒有綜合實施CA認證、數據備份、防火牆等三種以上安全保障措施，也沒有制訂相應的資訊安全管理制度。應急處理突發事件能力不夠強，多數部門的安全應急隊伍尚在建設當中。還沒有統一的安全管理機制，整體防護能力不高，資訊安全技術與管理人才缺乏。
4. 缺乏電子政務專門人才，機構職能有待強化
專業的電子政務方面的人才缺乏、分散，公務員電腦整體水準偏低。目前，普遍缺乏專業的電子政務方面的人才，尤其是缺少具有資訊技術和行政管理經驗的通才。由於待遇相對不高，吸引力有限，人才存量不足，流失嚴重，遠不能滿足各部門對資訊技術和電子政務方面的人才的需求。以貴陽市為例，17個市政府組成部門和市直部門中有3家單位沒有設立類似資訊中心、資訊科這樣的專職部門，已經設立的資訊中心（或類似機構）級別待定或者較低，僅有部分單位擁有自己的專職網路和電腦維護人員，專業的電子政務人才極其匱乏。
資訊化管理機構設置不健全，尤其在縣（區），無專職的資訊化管理部門，沒有建立資訊化領導小組，有些部門甚至沒有專職的資訊人員，資訊系統建設和運行維護困難。對資訊化工作重視不夠，對資訊化的認識還停留在單一建網站和網路鋪設上。這些落後意識和管理機制在一定程度上阻礙了電子政務進程與應用。
5. 資訊資源未能實現共用和共用
部門業務系統的各種數據的格式不同，平臺不同，資訊交換渠道不暢，資訊資源無法共用，可重復利用度低。
此外，電子政務政策制定、法制建設和標準化、規範化建設等方面的工作亟待加強。電子政務運維的創新機制不足。電子政務建設所需要的多元化投資機制尚未形成，資金投入不足。
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