康熙統一台灣後，面對朝廷內部一些人提出的“放棄台灣”的主張，接受施瑯“台灣是四省的前衛，棄之必釀成大禍，留之誠永固邊圍”的奏請，表示“台灣棄取，所關甚大。棄而不守，尤為不可”，下旨在台灣設立府縣，加強對台灣的管理和開發，台灣社會和經濟迅速發展起來。
農業經濟的開發
當時對台灣的開發，主要集中在農業經濟上。清朝統一台灣後，在荷蘭、鄭氏集團開發台南平原嘉義以南地區基礎上，重點是以台南平原為中心向四週尤其是向北部發展。隨著閩粵移民越來越多，中部和北部的荒野也得到成片的開發。在康熙48年（1709年）左右，蓍名墾號陳賴章申請開發大佳臘，台北盆地開始大規模開發，大小墾號和零星開發者絡繹而至，聚居在平地中心地帶，到乾隆早期台北盆地的林口臺地等條件較差的地區也已被開墾出來。與台北盆地開發的同時，同安人王世傑帶領100多人，申請開發新竹地區，到康熙末年，開始以今天的新竹市區為中心向南北發展。台中盆地和彰化平原，因為南鄰已經開發的嘉南平原，拓墾十分迅速，閩粵移民從斗六一帶渡過濁水溪北上，沿海平原很快得到開發。其中一些大墾戶為改善農業環境，減少當地多風多災損失，一邊開墾，一邊興修水利，當地不僅開發很快，農業經濟也發展很快。桃園臺地因為水源不足，客家人在中壢等地的開墾受到影響，所以開發的速度要慢一些。自康熙至乾隆末年，經過近百年的努力，台灣西部的平地已經開發完成，移民的目標轉向丘陵山地和東部的宜蘭平原、埔裏社盆地等。
宜蘭平原是非常適合發展農業經濟，只是因為與北桃竹苗地區隔著雪山山脈，山高林密草深，交通極為不便，所以移民足跡到達晚了一些。而且丘陵地區的開發，受到當時對開墾荒地不理解的高山族的威脅，他們經常“出草”殺害墾荒的移民。因此閩粵移民要開發山地，經常要由官方和民間雇請“隘丁”把守山口，保護移民的安全。設“隘”是在乾隆末年開始，主要是在平地開發完後可以向山地進軍的苗栗、宜蘭、彰化、南投、高雄、屏東等地區。乾隆33年（1768年）和嘉慶3年（1798年），漳州人吳福生、吳沙等人，兩度帶人進入宜蘭，第二次終於成功，吳沙帶領的200多移民，來到宜蘭烏石港建立墾荒中心，以後閩粵移民大量趕來，宜蘭被迅速開發，並且成為台灣著名的糧倉。中部的埔裏社盆地在此後不久也得到開發，因為在開發過程中發生“隘丁”組織移民與高山族發生“械鬥”，當局曾經禁止開墾，所以開墾主要是以“私墾”、“偷墾”完成的。
總之，從康熙統一台灣，到咸豐年間，台灣西部和宜蘭、埔裏社等地理條件較好的地區，已經開發完畢。開發台灣，移民付出多少汗水、淚水、鮮血甚至生命，疾病、颱風、洪水、野獸、“出草殺人”經常威脅著他們，饑餓、勞累、貧窮、孤獨圍繞著他們，他們為台灣的發展付出了極大的犧牲。
台灣的開發，帶來了經濟的發展。在清政府統治台灣後，台灣從一個在部分尚未開發的島嶼，成為一個農業經濟和傳統經濟相當繁榮的區域。在開墾初期，農業生產是粗放式經營，台灣“土壤肥沃，不糞種，糞則穗重而仆。種植後聽其自生，不事耘鋤，惟享坐獲，每畝數倍于內地。”從康熙末年起，移民大量增加，為按照大陸農業種植技術在台灣種植作物提供了大量勞動力，當地開始精耕細作。再加上當地雨量充沛，水利發達，氣候暖熱，移民已經在家鄉掌握必要的水稻種植技術。因此，台灣新開發的地區成為豐繞的稻米產區，稻米畝產平均能夠達到4至7石，每年賣到大陸的稻米達50萬石以上。
台灣農業作物除稻米外，嘉南平原存在的許多旱田，種植甘蔗、番薯和花生。因此，以濁水溪為界，北部以稻米為主，南部則是稻蔗間作。從康熙中期起，南部甘蔗生產發展起來。農民在水田裏種水稻，在旱地裏種甘蔗。到秋後和次年初春，收割甘蔗進入“制糖期”。只見鄉間到處都是豎起兩個石碾，壓榨蔗汁，再通過連續熬製成紅糖。晚清時，台灣每年輸出的糖達60萬擔左右，加上島內消費應該達到70萬擔左右。
商品口岸的繁榮
與台灣開發、經濟發展一起，商品經濟也相應發展起來。台灣地區生產稻米和蔗糖，但是鑄造、陶瓷、紡織布匹、日用雜貨極不發達，因此形成台灣向大陸提供米糖等農產品，大陸向台灣提供生產和生活用品。為了便於進行輸出農產品和輸入所需要的手工業品的經濟交流，一些商業口岸發達起來。
最先發展起來的是台南鹿耳門，早在荷蘭和鄭氏集團統治時期就成為台灣的運輸中心和商業中心。康熙收復台灣後，兩岸貿易合法化，因而發展很快，其中官糧、官鹽等運輸大大促進了運輸業和商業中心的發展。隨之發展起來的有笨港（北港）、旗後（高雄）、八里坌、艋舺等地，成為台灣西部的重要口岸。八里坌地處於淡水河的出海口，與東邊的艋舺，成為北部地區與大陸往來的重要港口。當時的鹿港，“煙火數千家，帆檣麇集，牙儈居奇，竟成通津矣”。艋舺則“居民鋪戶約四、五千家，外即八里坌口，商船聚集，阛阓最盛，淡水倉在焉。同知歲中半居此，蓋民富而事繁也”。因此，從嘉慶道光年間起，台南、鹿耳門、艋舺成為台灣繁榮的商業中心，成為兩岸繁忙的運輸和兩岸貨物集散地，史稱“一府二鹿三艋舺”。此外，到雍正末年，清政府在不斷到來的閩粵移民集居的地方，設立20個行政中心，這些行政中心成為當時區域性的商業中心。
