遠征軍的第一項行動目標已經實現。施瑯以消滅台灣方面軍事實力、佔領澎湖的戰果，成功實現康熙“因剿寓撫”中的“剿”，軍事上的勝利，具備了實施“撫”的基礎和前提，下一步是對台灣鄭氏集團進行招撫。
施瑯不僅是一個軍事人物，也是一個政治人物，很有政治頭腦，他的招撫政策合情合理。針對軍事上的勝利和俘獲鄭方人員甚多一事，他立即頒發《優撫戰俘五條》，規定：儘量打撈死亡鄭軍將士的屍體，殮衣深葬，以便告知其故鄉的親人。對於俘虜，凡是傷病俘虜，治傷治病；願意回鄉者，資其回鄉；願意務農者，資其回原籍種地；願意從軍者，留在軍中；願意回台灣者，贈船送回。同時公佈《安撫輸誠文武官員兵民示》，提出只要台灣同意回歸，“官則不失爵秩之畀，民皆荻綏輯之安，兵丁入伍歸農，聽從其便，各安其意，樂其無事”，重申“本提督言出金石，決不負爾。”這兩個通告，對台灣方面很有影響力，“東寧小朝廷”不會無動於衷。
鄭氏集團上層也很複雜。東寧府內有三股主要政治勢力：政治上控制鄭克塽的馮錫范、控制軍事實力的劉國軒、寄居於台灣的明王朝的殘余勢力，兩岸能否議和取決於他們的態度。施瑯特意宴請被俘的鄭軍將領，請他們出面做東寧城內三大政治勢力的工作，為完成統一大業作出貢獻。
為加強對鄭氏集團的政治攻勢，施瑯並托被俘的劉國軒的好友陳公飛帶上親筆所書的《約法三章》赴台灣。承諾：一、台灣黎庶，係我骨肉。施瑯到達台灣，當以父母兄妹待之；二、台灣將領，以前皆各為其主。施瑯到達台灣，對其昔日恩怨，概不追究，凡有功於‘浦合珠還’者，皆以功賞嘉之；三、鄭室子孫，皆“賜姓”後代。施瑯到達台灣，決不傷害一人，彼等若肯議和，當按功勞大小，奏請皇上授官封爵。”《約法三章》集中了“撫”的精髓，只要不是存心分裂祖國者，台灣方面已無拒絕的理由。陳公飛等被俘的鄭軍將士深深為之感動。7月21日，同意回臺做工作的降將和自願回台灣的300余名官兵，乘船離開澎湖前往台灣，擔當起勸說鄭氏集團歸順清朝的任務。
“澎湖大敗”驚動了東寧府，處於風雨飄搖中的“東寧小朝廷”正在討論最後的決策。面臨中央朝廷強大的軍事壓力，認識到“自立乾坤”和頑抗到底難逃覆滅下場，現今只剩下“議和”一條路。返回台灣的被俘將士的現實和勸說，也給鄭氏小朝廷、文武百官、黎民百姓帶來一線生機，為議和創造了合適的氣氛。為此，鄭氏集團內部基本達成一致。
鄭氏集團決定降清。7月31日，鄭克塽和劉國軒派出的“和談使者、協理禮官”鄭英平、“賓客司”林維榮到達澎湖娘媽宮請見施瑯。和談代表提出“三不傷”的請求，請求清軍入島“不傷鄭室一人，不傷百官將士一人，不傷台灣黎庶一個；同意鄭氏政權成員留居台灣，承祀祖先，照看物業。”施瑯不無遠見地說，“三不傷”可以做到，只是“留居台灣，承祀祖先”，恐怕有“自立乾坤”的陰魂，實難辦到。
鄭氏集團最難接受的“削發易服”，這是因為清軍入關時，有“留發不留頭，要頭不要發”之說，同意“削發”表示臣服清廷的意思，因而“削發”成為清朝的主要統治形式。因此，削發易服也成為兩岸以前四次七輪議和沒有成功的主要原因。對於清朝堅持的“削發易服”，鄭英平為緩解民間的對立情緒，提出“三降三不降”：官降吏不降，男降女不降，生降死不降。即軍隊官兵，可以削發易服，府縣官吏本身沒有制服，暫不易服；台灣所有男子立即削發易服，女子因為穿戴閩粵服式，故無需易服；生前可以削發易服，死時就穿愛穿的衣服。雙方的立場基本接近，和解有希望。
只要東寧王朝歸順中央，作些非原則的讓步是可以的。提督施瑯一口應承，笑稱武平侯劉國軒考慮週到，對於民心“順之則平，逆之則奇”。雙方只剩下“留居台灣”未達成協定。施瑯派出使者二等侍衛吳奇爵陪同鄭英平、林維榮前往台灣，與劉國軒面談。
台灣方面很快採取具體行動，9月17日，劉國軒派遣馮錫范的弟弟、“兵官”馮錫圭，陳永華的兒子、“工官”陳夢煒，他的弟弟、“戶官”劉國昌，來到澎湖娘媽宮，呈上簽署的請求招撫的表章印冊。鄭克塽在議和表章中自願稱臣，表示以往對抗是“稚魯無知”，茲特繕具表章，並延平王印一顆、冊一副，武平侯劉國軒印一顆，忠誠伯馮錫范印一顆奉呈；在表章中，只是提出生在南方，請求允許繼續居住在福建。鄭克塽集團的條件並不過分，畢竟福建是鄭氏三代人作戰過的地方。
清朝政府代表前來台灣接收。1683年10月3日，施瑯率領戰船100艘、將士1萬餘人，到達鹿耳門外海，因為水道過淺無法進入。鄭克塽、劉國軒、馮錫范在鹿耳門龍亭大禮迎接。巧合的是，就象當年鄭成功水師鹿耳門那樣，突然海潮驟起，水面騰空升丈余，威武雄壯的複國大軍，浩浩蕩蕩開進臺江江面。只見萬眾歡騰，同聲高呼，共祝兩岸統一的完成。
作為中央政府的代表，施瑯一到台灣，立即公佈《安民生事示》、《嚴禁犒師示》，嚴肅軍紀，安撫民心，以報答台灣黎庶的盛情盛德。10月4日，施瑯在鄭克塽、劉國軒、馮錫范的陪同下，祭奠鄭成功。施瑯這位愛國英雄，放棄了私仇家恨，以民族大義、國家利益為重，肯定了鄭成功收復台灣的歷史功績。鄭成功、施瑯兩將軍，雖說各自打擊的對象不一，但都成了民族英雄，為捍衛祖國領土和主權的完整，作出了重大的貢獻。
承天府裏好不熱鬧，第二天，即康熙22年（1683年10月5日）8月15日，中秋節，慶祝統一台灣的儀式在東寧南坊孔廟廣場進行，共慶祖國的統一。
消息傳到北京，康熙大帝喜不勝收，諸位大臣歡欣鼓舞，朝廷內外共慶統一。康熙23年（1684年）元宵節，為慶祝統一台灣，康熙皇帝賜封功臣。在康親王傑書宣讀的詔書中，敕封福建水師提督施瑯為靖海侯，延平王鄭克塽為正黃旗海澄公，武平侯劉國軒為天津總兵、封爵伯，台灣忠誠伯馮錫范為正白旗伯爵，……事實說明，統一後完全能夠保證鄭氏集團的利益，更符合台灣民眾和大陸人民的利益。
馬上能殺敵、案前能作詩、能文又能武的康熙皇帝，情不自禁，筆走龍蛇，賦詩言志：
萬里扶桑早挂弓，
水犀軍指島門空。
來庭豈為修文德，
柔遠初非贖武功。
牙帳受降秋色外，
羽林奏捷月明中。
海隔久念蒼生困，
耕鑿從今九壤同。
康熙皇帝的詩，說出了他的喜悅。康熙大帝統一台灣的偉業終於完成，割據21年的台灣小朝廷終於結束。從台灣先是被荷蘭人強佔、後被鄭氏集團割據、再被中央政府統一的過程來看，分離是暫時的，統一是長遠的。
康熙皇帝沒有忘記施瑯將軍的貢獻，冊封他為“靖海侯”，在台灣中南部擁有許多土地，是為“施侯租田”，台南縣的“將軍鄉”就是因施瑯將軍而得名。他以自己成功實施康熙的“因剿寓撫”的統一台灣的戰略，而成為中華民族的英雄。
