渡海作戰的日子終於來臨，清順治18年（1661年）4月21日中午，鄭成功在金門料羅灣誓師出發。鄭成功在出發前的《祭海表文》等文告中宣告：收復台灣，上報國家，下拯蒼生，建立萬世不拔基業；我師一舉一動，四方瞻仰，天下見聞，關係實為重大。
誓師結束，鄭成功一聲令下，30000名官兵和家眷乘坐400余艘戰船，向台灣進發。由“參軍”陳永華留守廈門，負責後勤供應。從整個行動安排中，可以看出鄭成功的成熟和週到。
鄭軍進軍順利，第二天水師順利到達澎湖馬公港。鄭成功親率護衛軍駐紮在媽宮嶼媽祖廟，並多次到媽祖廟朝拜和其他島嶼察看地形。由於氣候惡劣，鄭軍被困在澎湖。
考慮到所帶糧草不多，鄭成功一反常態，于4月29日晚，下令全軍冒著呼嘯狂風啟航。豈知出海不久，天氣竟然轉晴，風向由逆風變為順風，直指90公里外的台南。4月30日上午收復台灣的大軍到達鹿耳門水道，因為航道水勢淺險，荷蘭人也沒有設防，戰船無法通過而停留在外海。這是鄭成功第一次見到台灣島。
真是天有不測風雲，時過不久，中午時分，不到漲潮時間的鹿耳門水道開始漲潮，再加上順風，鄭成功指揮軍隊在這裡順利登陸。深受殖民統治之苦的數千名台灣民眾，前來迎接來自大陸的軍隊，支援趕走外國強盜的壯舉。這一點在時任荷蘭總督的揆一（Frederick Coyett）以“C.E.S”筆名所寫的回憶錄《被忽視的福摩薩》一書中，對他親眼見到的中國人民自發的愛國主義不得不敬重的描述。殖民者看到了人心向背，看到了殖民政策不得人心。
鄭軍登陸後，在鄭成功的指揮下，立即投入戰鬥，擊退了普羅文查（赤坎樓）城代理司令描難實叮（Jacobus Valentijn）指揮200余名士兵的進攻，控制了赤坎街（今天的民權路一帶）；切斷一鯤鯓島上的熱蘭遮城和隔臺江相望赤坎城地區的聯繫；派出“宣毅前鎮將軍”陳澤駐紮北線尾，控制鹿耳門水道，保護進出大員、台灣與廈門的水上要道，防止荷軍從背後突襲。
同時，鄭成功專門送信給荷蘭殖民當局，表示“你們必須明白繼續佔領別人的土地是不對的，如果你們能用友好的談判方式讓出城堡，生命和財產安全將受到保障，否則，所有的人都將難以倖免。”鄭成功的好意，換來的是荷蘭方面的進攻。
在登上北線尾第二天淩晨，陳澤率軍消滅前來偷襲的、由被中國人稱為“拔鬼仔”的荷軍上尉彼德爾指揮的250名士兵，高喊“聖明的主與我們同在”的彼德爾也成為異鄉鬼魂，第一仗荷軍敗北。
第二仗在臺江。北線尾之戰的同時，“左虎衛”陳衝又指揮戰船在三鯤鯓激戰裝備優良、由巴圭亞中校指揮的荷軍“赫拉托號”、“格裏弗蘭號”、“白鷺號”、“瑪麗亞號”4般軍艦。指揮艦“赫拉克號”被鄭軍擊沉，僅次於它的“格裏弗蘭號”見狀，掉轉艦頭，連衝帶撞，衝出重圍，逃往日本。
第三仗是在當天晚上。由荷蘭軍官阿爾多普指揮的200名荷軍士兵，乘坐幾艘快艇，在夜色掩護下，離開熱蘭遮城，橫渡臺江，增援赤坎城。荷軍在第二天淩晨陷入中國軍隊的包圍之中，在描難實丁救應下，阿爾多普逃入赤坎城，清點人數，已經少了140人。接連三仗，荷蘭人連戰連敗。
荷蘭人沒有忘記這一失敗，揆一在筆名C.E.S寫的《被忽視的福摩薩》書中說：“分別抗擊敵人的三路軍隊，一路在海上，兩路在陸上，都已失敗而告終，於是我們再也沒有力量和方法阻止敵人前進了。”時至此時，荷蘭殖民者已經沒有獲勝的希望。
